Tháng 7 năm 1988, sau 7 năm học ở Bắc Đại, Tôn Nghiệp Lễ được nhận vào Văn phòng nghiên cứu Văn hiến Trung ương thuộc Ủy ban Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc. Ông công tác ở đây trong thời gian dài, là biên tập viên trường kỳ cho tạp chí Văn hiến Đảng, rồi dần dần là Phó Tổng thư ký kiêm Chủ biên tạp chí, giữ vị trí Ủy viên Văn phòng, Chủ nhiệm Bộ phận nghiên cứu và biên tập thứ 5 rồi là thứ 6 của Văn phòng Văn hiến.[3] Trong thời gian này, ông tiến hành nghiên cứu và đăng tải nhiều công trình khoa học, báo chí tập trung vào vấn đề tư tưởng của các nhà lãnh đạo Đảng và Nhà nước, lịch sử Đảng và lịch sử Trung Quốc hiện đại, được phong chức danh Nghiên cứu viên – bậc cao nhất của khoa học Trung Quốc. Tháng 2 năm 2014, ông được bổ nhiệm làm Phó Chủ nhiệm Văn phòng nghiên cứu Văn hiến Trung ương, cấp phó bộ trưởng,[4] đến tháng 3 năm 2018 khi văn phòng này cùng Văn phòng nghiên cứu Lịch sử Đảng và Cục Biên dịch được tổ hợp thành Viện nghiên cứu Văn hiến và Lịch sử Đảng thì ông được điều tới nhậm chức Phó Viện trưởng.[5]

Tháng 1 năm 2021, sau hơn 30 năm công tác ở cơ quan nghiên cứu văn hiến và lịch sử, Tôn Nghiệp Lễ được điều tới Bộ Tuyên truyền Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc, nhậm chức Phó Bộ trưởng.[6][7] Cuối năm 2022, ông tham gia Đại hội Đảng Cộng sản Trung Quốc lần thứ XX từ đoàn đại biểu khối cơ quan trung ương Đảng và Nhà nước.[8][9] Trong quá trình bầu cử tại đại hội,[10][11] ông được phân công làm người phát ngôn thông tin đại hội.[12][13] Ngày 17 tháng 1 năm 2023, ông được bổ nhiệm làm Chủ nhiệm Văn phòng Thông tin Quốc vụ viện, cấp bộ trưởng, kế nhiệm Từ Lân, đồng thời được bầu làm Ủy viên Thường vụ Ủy ban Toàn quốc Hội nghị Hiệp thương Chính trị Nhân dân Trung Quốc.[14]